Encarnación (Division Intermedia): every transfer in and out, fees paid and earned, squad market value.
| Date | Player | From | To | Fee |
|---|---|---|---|---|
| 2026-02-11 | Derlis Ortiz | Alvarado | Encarnación | Free |
| 2025-07-02 | Cristhian Báez | General Caballero JLM | Encarnación | Free |
| 2025-01-14 | Christian Arnaldo Martínez Candia | Encarnación | Alvarado | Free |
| 2025-01-12 | Richard Ortiz | Encarnación | Manta FC | Free |
| 2025-01-01 | F. Peralta | Nacional | Encarnación | Free |
| 2025-01-01 | B. Díaz | Real San Andres | Encarnación | Free |
| 2025-01-01 | J. Leguizamón | Luqueño | Encarnación | Free |
| 2024-07-11 | Ronald Acuña | Encarnación | Zamora FC | Free |
| 2024-07-01 | Richard Ortiz | General Caballero JLM | Encarnación | Free |
| 2024-07-01 | Pedro Arce | Trinidense | Encarnación | Free |
| 2024-07-01 | Alex Cáceres | Encarnación | Wilstermann | Free |
| 2024-01-01 | M. Dávalos | 2 de Mayo | Encarnación | Free |
| 2024-01-01 | Ronald Acuña | Deportivo Santaní | Encarnación | Free |
| 2024-01-01 | Alex Cáceres | Sol de América | Encarnación | Free |